Nel 1307 i benedettini lasciarono l’abbazia all’ordine dei cavalieri di Gerusalemme, che iniziarono alcuni lavori di fortificazione del complesso, tra i quali anche la realizzazione della vicina torre dell’Uccellina, con funzioni di avvistamento verso il mare aperto.
Il complesso fu definitivamente abbandonato nel Cinquecento, a seguito della costruzione della nuova chiesa presso la villa granducale di Alberese, che divenne la nuova sede dell’ordine nella zona. Da allora il complesso andò incontro ad un lunghissimo ed inesorabile periodo di degrado terminato solo sul finire del secolo scorso, quando ebbero inizio i lavori di restauro conservativo terminati nei primi anni del nuovo millennio.