La visita inizia poco oltre il parcheggio, dove è situato il centro di accoglienza con la biglietteria e un punto ristoro. Il percorso didattico si articola in due aree distinte collegate tra loro tramite un sentiero tortuoso che si snoda lunga la via cava del Gradone. Il museo è suddiviso in due aree: la “città dei vivi” e la “città dei morti”.
Nella prima area, la “città dei vivi”, sono state allestite due abitazioni in scale differenti che rappresentano l’antico abitato di Pitigliano. È possibile ammirare un modello in scala reale di capanna circolare dell’età del Bronzo finale (XII-XI secolo a.C.), realizzato con alzato in impasto di argilla e paglia posizionato su una intelaiatura di pertiche e di canne; e un altro di un’abitazione etrusca dell’età arcaica (VII-VI secolo a.C.),
Il percorso continua poi all’interno della via cava del Gradone, incavata nella roccia tufacea e suggestiva via di comunicazione risalente al periodo etrusco: il sentiero si snoda tortuoso fino a raggiungere, dopo circa cinquanta metri, lo scorcio panoramico sulla valle del torrente Meleta e sul cimitero ebraico di Pitigliano; continua poi scendendo ripido, ed è la parte più difficile del percorso, dove il tufo è scivoloso per l’umidità e per la presenza di numerosi incavi realizzati per l’appoggio degli zoccoli di animali come muli e asini. Poco dopo è possibile ammirare su un’altra terrazzina panoramica la cappella dei Santi Giacomo e Filippo apostoli, chiamata comunemente cappella del Gradone, risalente al XVII secolo.Dopo aver proseguito per poco più di cento metri la via cava, si giunge alla cosiddetta “città dei morti”, dove è possibile ammirare le necropoli etrusche.
La visita continua all’interno di un bosco, ricco di querce, cerri e pungitopi, dove è situata la necropoli del Gradone, che presenta una serie di tombe a camera a pianta cruciforme con dromos a gradini del VII secolo a.C.
Uscendo dalla via cava il sentiero prosegue a destra e conduce alle rive del torrente Meleta: una volta oltrepassato il ponte pedonale si arriva alla monumentale necropoli di San Giovanni. La necropoli risale alla seconda metà del VI secolo a.C. ed è composta da varie tombe a camera scavate nel tufo; sono presenti anche una serie di tombe a cassone dell’età ellenistica (II secolo a.C.).
Da lontano è visibile l’antica carrareccia che saliva verso Pitigliano collegando la città con la campagna circostante.
Giunti al termine del percorso, si ritorna all’ingresso percorrendo il sentiero a ritroso.