Di origini incerte, Batignano si sviluppò in epoca medioevale, attorno al castello che controllava lo sbocco della via verso Siena sulla piana grossetana e alcune miniere di piombo e di argento. Fu feudo degli Aldobrandeschi e appartenne nel 1213 a Manto da Grosseto. Passò quindi nel XIV secolo sotto il dominio di Siena, ospitando numerosi immigranti dalla Corsica, e quindi nel Granducato di Toscana. Nel 1738 fu riunita al comune di Grosseto.

Batignano è un caratteristico borgo che conserva resti della cinta muraria, con torri e porte, e un cassero, oltre ad un loggiato a tre arcate, costruito con materiali di reimpiego (colonne e capitelli romani), probabilmente provenienti da Roselle; tutto ciò conferisce al paese un certo tono di antichità. Da segnalare, anche, la presenza di una pieve e di un antico convento, oramai sconsacrato, situato fuori dall’abitato.